Contrairement aux rorquals communs et aux rorquals à bosse qui diversifient leur alimentation entre du poisson et des invertébrés comme le krill, les rorquals bleus ne se nourrissent pratiquement que de krill, un petit crustacé mesurant entre 2 et 5 cm.
L’estuaire du Saint-Laurent accueille principalement deux espèces d’euphausides, ou krill: Meganyctiphane norvegica et Thysanoessa raschii. Les deux espèces cohabitent tout en formant des agrégations relativement distinctes. T. raschii se trouve généralement plus près de la surface, ce qui fait peut-être de lui le préféré du rorqual bleu.
L’abondance, la densité et l’accessibilité des proies sont les «qualités» recherchées par les rorquals bleus aux besoins gargantuesques (une à trois tonnes par jour). Les conditions océanographiques du Saint-Laurent (courants de marées, bathymétrie et grands vents) favorisent de grandes agrégations de krill (lien vers la question précédente). Le rorqual bleu n’est pas la seule espèce marine à s’alimenter de krill: larves de poissons, amphipodes, oiseaux et autres mammifères y trouvent leur compte.
Jusqu’à maintenant, le Saint-Laurent a subvenu aux besoins alimentaires des rorquals bleus. L’alimentation spécifique du plus grand des rorquals et du plus grand animal terrestre fait de lui un bio-indicateur de la santé du fleuve et des services écologiques que celui-ci produit. Des modifications dans l’abondance et la fréquence des observations du rorqual bleu dans l’estuaire du Saint-Laurent pourraient indiquer certains changements au sein de l’écosystème.