Possiblement qu’à l’instar d’autres espèces de mammifères ou des oiseaux, l’heure du départ des baleines pour la migration est liée au système hormonal (la mélatonine principalement), qui lui, est régulé par le changement des conditions climatiques (la durée du jour, un apport d’eau douce important, etc.). Toutefois, d’autres facteurs peuvent aussi intervenir, comme la disponibilité de nourriture et la formation de glace. Certains individus feraient même fi de ces signaux pour étirer leur saison d’alimentation comme certains grands rorquals vus dans le Saint-Laurent l’hiver.
Se nourrissant très peu lors des migrations et dans les zones de reproduction, les baleines ont des adaptations pour survivre au jeûne en emmagasinant des réserves de gras qu’elles accumulent tout au long de leur saison d’alimentation. Aussi, elles sont dotées d’une épaisse couche de graisse qui limite les variations de température, leur permettant de tolérer une eau passant d’environ 25°C aux tropiques à 5°C et moins selon les secteurs d’alimentation.
Comment les baleines retrouvent-elles leur chemin? Plusieurs hypothèses sont avancées. S’orientent-elles grâce aux astres? Se fient-elles aux courants dominants? Perçoivent-elles les variations dans le champ magnétique terrestre? Utilisent-elles les sons de basses fréquences pour percevoir les reliefs sous-marins? Goûtent-elles les masses d’eau pour retracer l’embouchure d’un fleuve ou la limite d’une banquise? Mais même si de nombreuses découvertes ont été faites sur les baleines, le mystère reste entier; aucune théorie à l’heure actuelle n’est capable d’expliquer cette étonnante précision qu’ont les baleines pour se diriger dans les océans.
Une autre question qui demeure non élucidée est celle de la destination de certaines baleines. La destination des rorquals à bosse de l’Atlantique Nord-Ouest, par exemple, est bien connue: les Caraïbes! Mais où vont les rorquals communs du Saint-Laurent l’hiver? Une étude américaine basée sur la détection des sons a montré que les rorquals communs sont distribués dans l’ensemble de l’Atlantique Nord et ce, toute l’année, et les troupeaux semblent effectuer des courtes migrations vers des latitudes plus basses, sans jamais créer de gros rassemblements. Ainsi, les rorquals communs que l’on observe l’été dans le Saint-Laurent passent l’hiver… quelque part dans l’Atlantique, probablement un peu plus au sud! Et les rorquals bleus? Le suivi acoustique a révélé qu’ils se disperseraient depuis les Grands Bancs de Terre-Neuve jusqu’aux Bermudes, en plus de certains individus qui seraient dans le Saint-Laurent en plein hiver.