C’est une zone libre ou recouverte d’une mince couche de glace. Ce terme d’origine russe signifie « trou dans la glace » et était utilisé par les premiers explorateurs polaires qui découvraient le phénomène.
C’est le jeu des marées, du relief sous-marin et des courants qui provoquent la remontée des eaux profondes, plus chaudes que l’eau de surface, ce qui empêche la formation de glace. Le vent ou les courants peuvent également fragmenter la banquise.
Les polynies peuvent atteindre des tailles remarquables comme celle des Eaux du Nord, entre le Groenland et le Canada, qui s’étend sur environ 85 000 km2, ce qui en fait la plus grande polynie sur la planète.
Ces zones sont des « oasis » et assurent un refuge à plusieurs espèces dans ces déserts de glace. Les algues microscopiques y abondent ce qui fait le régal d’animaux minuscules, qui à leur tour deviennent la proie de poissons et d’autres prédateurs jusqu’aux oiseaux et mammifères marins comme les narvals, les baleines boréales et les bélugas qui fréquentent les polynies de l’Arctique. Plus près de chez nous, l’hiver, une polynie se forme à l’embouchure du Saguenay, crée par la remontée des eaux profondes chaudes.