Résident permanent du Saint-Laurent, le phoque commun (2 m de long, poids de 100 kg) est reconnaissable à sa tête ronde et à son pelage aux taches irrégulières. Le rapport émis en 2007 par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC) classait le phoque commun comme étant « non en péril » ; toutefois, on ignore combien d’individus fréquentent le parc marin, rendant difficile la protection de leur habitat.
Les sites d’échoueries de phoques communs, où ces derniers se reposent et se reproduisent, sont nombreux dans le fiord, et ces sites gagnent en popularité auprès des bateaux d’excursion. Si le phoque commun n’est pas, ici, l’objet d’une prédation naturelle (par des épaulards, des requins ou encore des ours polaires), le dérangement causé par la circulation maritime pourrait devenir problématique.
La survie des pinnipèdes est fonction du temps passé à la fois sur terre et dans l’eau. Certains indices permettent de déterminer si la présence humaine importune les phoques ; par exemple, si l’animal retourne à l’eau alors qu’il était en position de repos, ou encore s’il lève la tête pour observer ce qui se passe.