Les parties du corps qui causent un problème lorsqu’il est question de supporter une grande pression sont les espaces remplis d’air. Chez l’humain, ce sont les sinus faciaux, l’oreille moyenne et les poumons. Les cétacés n’ont pas de sinus faciaux. Leur oreille moyenne est adaptée pour supporter des changements de pression. Leurs poumons sont eux aussi adaptés de diverses façons. La structure de ceux-ci est adaptée pour résister à l’écrasement, car un cétacé a effectivement la cage thoracique écrasée en profondeur. Toutes proportions gardées, les poumons de l’homme sont plus gros que ceux des baleines. Il semble que le fait d’avoir de petits poumons soit une adaptation à la plongée. En effet, la pression de l’eau qui s’accroît en profondeur compresse les poumons remplis d’air, ce qui cause des tensions sur les tissus des poumons et de la cage thoracique. Avec de plus petits poumons, le volume d’air est réduit et les tensions minimisées. De plus, leurs côtes sont liées par un tissu cartilagineux très flexible.
L’oxygène est donc stocké ailleurs dans le corps, par exemple dans le sang et les muscles. Les échanges gazeux se font aussi différemment pour éviter les malaises que ressentent par exemple les plongeurs. Cependant, la physiologie de la plongée chez les mammifères marins fait encore l’objet de recherche. À l´instar des plongeurs humains, les baleines souffriraient aussi de blessures occasionnées par les bulles d´azote qui se forment dans leurs tissus.
Puis, les baleines possèdent aussi une épaisse sclère (enveloppe externe de l’œil), une épaisse cornée, un réseau complexe de vaisseaux sanguins et des muscles oculaires massifs pour protéger les yeux des fortes pressions.